-지자체 권한 확대와 제도적 격차: 정부는 RISE, 글로컬, 및 5단계 BK21 ,4극 3특 등을 통해 지자체-대학-연구소 중심의 초광역 협력 구조를 의무화하고 있음. 그러나 지자체 예산(지방보조금)의 집행 관리 규정은 일반 보조사업(토목, 행사 등) 기준에 묶여 있어 첨단 기술 R&D 및 대학원 인재 양성 환경과 심각한 괴리를 보임.

-지방비 매칭에 따른 불평등 심화: 대학원 중심의 대형 국책 과제(BK21 등)를 많이 수주하는 지자체일수록 지방비 매칭 부담이 급증하여, 재정 자립도가 낮은 지자체나 규모가 작은 지역 대학이 국가 공모 사업 기획 단계에서부터 역차별을 받는 구조적 한계 존재.

-행정 업무 마비 및 부적절한 정산 시스템: 국가연구개발사업 통합정산시스템(IRIS 등)에서 국비와 지방비를 통합 관리/정산할 수 있는 연계 체계가 부재함. 이로 인해 동일한 연구 목적의 단일 과제임에도 연구자가 국비와 지방비의 영수증을 인위적으로 분리하고, 지자체 요구에 맞춰 별도의 증빙 자료를 이중 제출하는 극심한 행정 낭비(행정 과중)가 발생함.

- 핵심 R&D 인프라(인건비·간접비) 사용 제한: 대학(원)생이 연구에 몰입할 수 있도록 돕는 학생인건’와 연구 환경 유지를 위한 간접비는 비영리 교육·연구기관의 핵심 재정 요소임. 그러나 일부 지자체의 조례 및 지방보조금 지침은 지방비의 인건비 및 간접비 편성을 전면 제한하거나 불인정하여 지역 내 우수 인재 유치를 원천 차단하고 있음.

- 도의회 등 지역 정치권의 이해도 부족: 지방비 매칭에 필수적인 도의회 승인 과정에서, 고도의 기술 R&D 및 전주기 인재 양성이 지역 소멸을 막는 본질적 가치라는 인식이 부족하여 예산 심의가 공전하는 경우가 잦음.

(정산시스템 혁신/개선)현재 과학기술정보통신부 주도로 범부처 통합연구지원시스템(IRIS)이 도입되어 국비 과제의 정산은 일원화되음. 또한, 교육부의 RISE 체제 전환에 따라 일부 지자체와 연구재단이 지방비 정산 시스템을 IRIS와 연계하려는 시스템 고도화 사업을 단계적으로 착수 및 전산 연계 테스트 중. 다만, 현장에서는 여전히 수작업 분할 정산이 주를 이루고 있어 완전한 자동 분할 원스톱 정산은 미완성인 상태 /관련 국정과제: 국정과제 78번: 지방 대학 시대 개막 (지자체의 대학 재정지원 권한 확대 및 행정 절차 간소화)/ 국정과제 27번: 자율과 창의 중심의 기초연구 지원 및 R&D 프로세스 혁신 (연구자 행정부담 경감)
- 부처 주요 정책: 과학기술정보통신부: 국가연구개발 행정제도 개선안 (IRIS 중심의 범부처 연구비 정산 표준화 및 종이 없는 연구환경 조성) / 교육부: 지역혁신중심 대학지원체계(RISE) 구축 계획 (지방비와 국비 통합 관리 인프라 구축 유도)
- 관련 법령: 국가연구개발혁신법 제9조(연구개발증빙자료의 통합 관리): 연구자로 하여금 이중 증빙을 하지 않도록 시스템을 통합해야 한다는 선언적 조항이 존재함.
- 현장 상황 : 법적으로는 통합을 지향하지만, 지자체의 지방재정관리시스템(e호조/e나라도움)과 중앙정부의 IRIS가 실시간 API 연계가 완벽하지 않아, 현장 연구자는 국비 영수증은 IRIS에, 지방비 영수증은 도청 양식에 맞춰 따로 풀칠하여 이중 제출하는 행정 마비가 지속되고 있음.
(집행규정 표준화) 관련 국정과제 81번: 과학기술 5대 강국 도약 및 지역 주도 혁신 성장 (지역 연구인력의 안정적 연구 환경 보장) / 부처 주요 정책: 교육부·행정안전부 공동 지침: 지방대학 및 지역균형인재 육성지원 기본계' 내 지방보조금의 R&D성 집행 유연화 권고./ 관련 법령: 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률(지방보조금법): 원래 인건비/간접비 처리가 까다로우나, 최근 지방대학 및 지역균형인재 육성지원에 관한 법률(지방대학육성법) 제16조 및 제17조에 따라 지자체가 지역 대학 R&D에 지원하는 비용은 조례가 정하는 바에 따라 유연하게 집행할 수 있도록 법적 근거가 마련됨./ 현장 상황 : 상위 법령에는 조례가 정하는 바에 따라 줄 수 있다고 되어 있으나, 대부분 지자체의 공무원들과 도의회는 지방보조금법 기준으로만 운영.//(국정과제 118번: 어디서나 살기 좋은 지방시대 (지

① [정산 시스템 혁신] 국비-지방비 통합 정산 플랫폼 구축 및 100% 연계
- 내용: 범부처 국가연구개발 종합정보시스템(IRIS) 내에 지방비 매칭 과제 전용 원스톱 정산 모듈을 신설할 것을 제안함.
- 효과: 연구자가 단일 과제 내에서 국비와 지방비를 구분하여 이중 정산할 필요 없이, 하나의 시스템에 증빙을 업로드하면 국비/지방비 비율에 따라 자동 분할 정산되도록 시스템 고도화. 지자체별 별도 오프라인 증빙 요구를 전면 금지하고 IRIS 데이터로 대체 의무화.

② [집행 규정 표준화] 국가 R&D 표준지침 준용 및 인건비·간접비 인정 허용
- 내용: 지자체가 매칭하는 R&D 및 대학원 지원 사업(BK21, RISE 등)의 지방비 집행 규정을 대통령령인 국가연구개발혁신법 수준으로 전면 상향 표준화하도록 권고안 제안.
- 효과: 지방보조금 가이드라인을 개정하여 비영리 교육·연구기관에 한해서는 지방비 매칭 펀드로도 학생인건비(기관 풀링제 가능) 및 대학 간접비 편성을 법적으로 의무 인정하도록 규정 개정.

③ [예산 부담 완화] 지역 규모 및 재정 자립도를 고려한 지방비 매칭 연동제 도입
- 내용: 국책 과제 공모 시 일률적인 지방비 매칭 비율을 강제하는 방식을 탈피해야 함.
- 효과: 지자체의 재정 자립도 및 참여 대학의 규모(지방 중소대학 우대)에 따라 지방비 매칭 비율을 차등 적용하거나, 비수도권 초광역 연합 과제(예: 4극 3특 벨트)의 경우 국비 지원 비율을 대폭 인상하고 지자체 부담을 완화하는 인센티브 제도 신설.

④ [중앙-지방 거버넌스 강화] 지자체 공무원 및 도의회 대상 국책 R&D 이해도 증진 제도화
- 내용: 교육부·과기정통부와 시도지사협의회가 공동으로 주관하는‘지방 R&D 및 대학원 육성 예산 심의 가이드북을 발간하고 지자체 의회 전문위원 교육을 정례화함.
- 효과: 도의원 및 지자체 예산 담당자들이 단순 소모성 지방보조금과 미래 가치를 창출하는 대학 R&D 매칭 예산의 차이점을 명확히 인지하게 하여 행정 절차의 예측 가능성 확보.